国内首次报道ctDNA检测在MDS患者中的临床应用
2019.11.01

安诺优达携手中国中医科学院西苑医院胡晓梅主任团队和美国辛辛那提儿童医院医学中心黄刚教授团队,共同研究发现,外周血循环肿瘤DNA(ctDNA)检测在骨髓增生异常综合征(MDS)患者中具有临床应用价值,为MDS患者的临床诊疗提供新的策略该研究成果见刊血液肿瘤领域专业杂志Hematological Oncology(Cover Story, IF=3.44),并被选为杂志封面。 


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1、研究背景


骨髓增生异常综合征(MDS)是一组以造血功能低下、难治性血细胞减少、高危转化为急性髓系白血病(AML)为特征的高度异质性髓系克隆疾病。随着NGS技术的发展,MDS的发病机制逐渐被认知,相关研究表明基因突变在MDS的发生发展过程中起着关键作用。从所有检出变异(variant calls)中准确识别体细胞突变(somatic mutations)有助于MDS患者的诊断分型、指导用药及预后分层。目前MDS患者体细胞突变检测样本主要基于骨髓肿瘤DNA(BM-tDNA),而骨髓样本的采集具有侵入性并可能伴有手术相关并发症的风险。外周血循环肿瘤DNA(PP-ctDNA),作为血浆中核小体结合的DNA片段,目前在实体瘤和非霍奇金淋巴瘤中得到广泛应用,但迄今为止,PP-ctDNA在MDS中应用研究相对有限。


2、研究内容


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本研究采用安诺优达血液病127-gene panel,对25例入组患者的配对骨髓和外周血血浆样本进行检测,研究发现在6,969个匹配的检出变异中,BM-tDNA与PP-ctDNA在变异等位基因频率(VAF)上呈现良好的相关性(R2 = 0.7295,P < 0.0001)(Fig. 1A);在52个匹配的体细胞突变中,BM-tDNA与PP-ctDNA在VAF同样呈现良好的相关性(R2 = 0.8272,P < 0.0001)(Fig. 1D)。该结果提示在MDS患者中,基于PP-ctDNA得到的检出变异和体细胞突变的检测情况可以反映BM-tDNA的检测结果。


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为了研究PP-ctDNA是否可以用于预测疾病状态和治疗反应,本研究对3例患者的连续外周血血浆样本进行基因突变检测(Fig. 2)。针对患者P1(初诊为MDS-EB-1,后期转化AML),对比15个月后的检测结果发现,除初诊检测到ASXL1 C856fs、U2AF1 S34Y、EZH2 A738fs和SETBP1 I871T 4个体细胞突变之外,额外发现TET2 K1004fs和RUNX1 R204Q 2个体细胞突变(Fig. 2A-B);通过文献检索发现,在MDS患者中,RUNX1突变与严重的血小板减少、原始比例增高及不良预后相关,而TET2突变意义存在争议,部分研究认为与预后无关,部分研究认为与预后不良相关,而在AML患者中,TET2突变明确与预后不良相关。针对患者P3(初诊为MDS-MLD,治疗后疗效评价为疾病稳定),TP53 T231A的VAF从1.04%变化至1.25%,GNAS R844C的VAF由0%上升至1.73%(Fig. 2C-D)。针对P26(初诊为MDS-MLD,治疗后疗效评价为完全缓解),BCOR Q1441X的VAF从22.10%下降至9.63%(Fig. 2E-F)。该研究结果提示,基于PP-ctDNA检测发现的多个基因标记物对预测疾病状态和治疗反应具有一定的应用价值。


3、小结


综上所述,由于NGS平台的广泛使用和无创PP-ctDNA检测技术的研究深入,本研究发现BM-tDNA与PP-ctDNA在检出变异和体细胞突变方面均呈现良好的相关性,同时,PP-ctDNA基因突变的丰度可以预测和反映MDS患者病情和治疗响应。


安诺优达血液病检测


1、背景介绍

目前,临床上对恶性血液病的诊断采用MICM分型。随着现代分子生物学技术的发展,尤其是基因序列检测技术的逐步成熟,对血液病患者的检查逐步深入到分子层面。血液病治疗遵从预后分层的原则,即把患者分为高危、中危和低危三类,其中,中危患者的治疗异质性很大,属于现有临床分类方法中分类不明确的患者群体,急需更精确的预后分层方法。NCCN指南和WHO指南已率先指出,通过对某些突变基因的检测,可对现有恶性血液肿瘤危险度预后分层系统进行更细的分类。使用多基因联合检测的方法,通过体细胞突变对患者预后做出判断,进而做出治疗选择。多基因联合检测的方法是对现有血液病预后分层体系的有益补充,在不远的未来,随着对体细胞突变致癌机理的深入理解,体细胞突变有望成为独立的预后指标,为临床医生提供一个全新的血液病治疗评价工具。 

   

2、检测意义  

1)急性髓细胞白血病预后分层;

2)骨髓增生异常综合征预后分层;

3)骨髓增殖性肿瘤辅助诊断及预后评估;

4)靶向药物相关及耐药位点检测;

5)复发难治患者病因探查;

6)疑似血液肿瘤但尚未明确疾病类型的疾病辅助诊断;

7)监控亚克隆低频突变,预防复发或疾病亚型转变;

8)化疗获益检测。


3、样本要求


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4、检测优势

1)高覆盖度,能够同时覆盖多个目标基因及所有临床热点,实现一站式检测;

2)高灵敏度,可发现频率低至5%的突变;
3)精确定量,可识别至1%的差异;
4)高分辨率,可检测至单碱基变化;
5)高延展性,便于开展多位点、多基因的联合分析;
6)专业的数据库,实现本地化检索;
7)可实现对FLT3-ITDMLL-PTD等特殊变异类型的精准分析。



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