ChIP-seq

产品简介
技术流程
样本要求
FAQ

染色质免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是研究蛋白质与DNA相互作用的经典实验方法，ChIP与高通量测序的结合（ChIP Sequencing）可以在全基因组范围内对蛋白结合位点进行有效而准确地筛选与鉴定，广泛应用于组蛋白修饰，转录因子调控等相关领域的研究。

产品优势

项目经验
物种经验30+，合作单位50+
建库技术
建库起始量低至5 ng
生信分析
标准分析、多组学联合分析、定制化分析
项目周期短
40天完成建库测序及标准分析

应用领域

基因表达调控
表观异质性
遗传印记

产品类型	测序平台及策略	推荐数据量	周期
ChIP-seq	二代平台 PE150	≥20M reads	40天

产品类型	样品要求
ChIP-seq	样品类型	无降解且无蛋白和RNA污染的ChIP-seq DNA样品或对应input DNA样本
	样品需求量	≥ 5 ng
	样品浓度	≥ 0.4 ng/μl
	样品纯度	OD260/280=1.8~2.2
	其他要求	分布在150~500 bp范围，主峰在200-300 bp之间且主带明显，需要老师提供检测结果

Q: ChIP-seq的主要研究领域有哪些？
A：
ChIP-seq的研究对象是蛋白质-DNA相互作用，主要使用领域包括以下两个方面：
1）判定染色质上哪些位置存在某种特定的组蛋白修饰；
2）对特定转录因子在染色质上的结合位点做精确定位。借助高通量测序技术，ChIP-seq可以一次性覆盖整个基因组，来获取蛋白结合的广谱信息；如果关注的只是少数区域的结合情况，则建议使用单个位点精密度更高的ChIP-qPCR。
Q: ChIP-seq的推荐测序数据量是多少？是否需要设置重复？
A：
一般来说，ChIP得到的DNA片段丰富度较低，大数据量测序意义不大。按照ENCODE目前标准转录因子建议有20M以上的可用reads；不同组蛋白标准不一，基本在20-45M可用reads。
ChIP-seq的实验过程较为复杂，早期文章中往往缺少重复样本的设置。不过为了提高文章结论的可信度，目前的分析标准中通常推荐有2个以上的生物学重复；对于样本较难获得的情况，可以不设置生物学重复。
Q: ChIP实验中使用的对照样本是否也需要测序？需要哪些对照？
A：
ChIP富集中常见的对照包括：
1）input，片段化后未经抗体富集的染色质后期去蛋白得到的DNA；
2）阴性对照，免疫沉淀过程中加入非特异性IgG抗体得到的DNA。
其中，input在数据分析时用于除去背景、进行检峰，是必须要进行建库测序分析的样本；阴性对照理论上基本不会捕获到足量DNA，不建议进行建库测序。

ChIP-seq

单细胞&空间多组学

传统单细胞测序

空间转录组

高通量单细胞转录组

基因组&重测序

基因组

重测序

转录调控

转录组学

表观组学

微生物

宏基因组

微生物多样性测序