全基因组甲基化（WGBS）

产品简介
技术流程
样本要求
FAQ

DNA甲基化是重要的表观遗传学标记信息，获得全基因组范围内所有C位点的甲基化水平数据，对表观遗传学的时空特异性研究具有重要意义。Bisulfite甲基化测序是以新一代高通量测序平台为基础，结合全基因组Bisulfite处理和生物信息数据分析技术，进行低成本、高准确度的全基因组DNA甲基化水平图谱绘制。

产品优势

经验丰富
积累了丰富动植物的物种经验
结果可靠
建库过程中加入λDNA作为阴性对照计算C-T转化率，经验丰富的生信工程师执行分析
联合分析
支持和RNA-seq免费联合分析，同时满足和其他组学联合分析需求
一站式服务
售前方案设计，售中异常解决，售后个性化分析

产品特点

应用范围广
适用于所有染色体水平参考基因组已知物种的甲基化研究
全基因组覆盖
最大限度地获取完整的全基因组甲基化信息，精确绘制甲基化图谱
单碱基分辨率
可精确分析每一个C碱基的甲基化状态

建库方式	测序平台	测序策略	测序深度	C-T转换率
Bisulfite转化	二代平台	PE150	30X	≥99%

产品类型	样品要求
全基因组甲基化测序	样品类型	无降解且无蛋白和RNA污染的DNA样品
	样品需求量	≥0.5 μg
	样品浓度	≥13 ng/μl

Q：WGBS对于物种有什么要求？
A：
如果物种有以下情况，可能不适合进行WGBS：
1) 基因组甲基化修饰率（5mC）很低的物种。已报道的低甲基化率物种包括：果蝇等双翅目昆虫、面粉甲虫、酿酒酵母、粟酒裂殖酵母、线虫和黄曲霉。这些物种基因组5mC修饰很少，可挖掘到的信息不多。
2) 参考基因组组装质量较差的物种。WGBS数据的比对对于参考基因组的组装质量要求较高，通常建议使用组装到染色体级别的参考基因组。如果物种基因组仅到Scaffold水平，会影响到比对质量。
3) 基因组存在复杂因素的物种。有些物种基因组存在GC含量偏高、杂合度偏高、多转座子、多重复区域等情况，都会影响WGBS数据的比对质量。
Q：WGBS推荐数据量多少？需要设置生物学重复吗？
A：
通常WGBS甲基化建议测序数据量至少为30X基因组大小，生物学重复为2-3个。因为低质量reads、非唯一比对reads、重复reads等因素，实际可用数据会少于下机数据，对于参考基因组质量较差、基因组复杂、样本量较少等情况，建议适当提高测序数据量以保证最终分析结果可信。
Q：Bisulfite处理后非甲基化C是否都会被测为T？未转化的比例如何计算？
A：
在文库构建过程中，会向样本中混入少量没有5mC的λDNA；根据比对到λDNA的数据中C碱基未发生C-T转化（仍被测序为C）的比例，即可计算转化率。按照安诺的成熟实验流程，按此方法计算得到的非甲基化C碱基转化率在99.5%左右，确保达到生物信息分析要求。

对于植物样本，有些文章会利用叶绿体DNA（5mC修饰水平极低）计算转化率。由于叶绿体基因组序列和甲基化修饰水平具有物种差异，安诺分析流程并未使用此方法。用此法计算转化率所得结果可能和λDNA计算得到的结果有少量偏差，属于正常情况。

全基因组甲基化（WGBS）

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