产品与服务
PRODUCTS & SERVICE

ATAC-seq

  • 产品简介
  • 技术流程
  • 样本要求
  • FAQ

ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput sequencing)是利用高通量测序检测转座酶易接近的染色质的一门技术。ATAC-seq 只需要很少的细胞就能鉴定基因组中所有活跃的调控序列。在 ATAC-seq 技术中,利用转座酶Tn5特异性识别并结合到开放染色质区域的裸露DNA上,切割DNA的同时插入测序接头,通过扩增形成完整文库,上机测序、分析鉴定染色质开放区域。

产品优势
  • 低细胞起始量
    重复性好,信噪比高、特异性强、实验简单,耗时短
  • 研究染色质互作全景
    能同时揭示开放染色质的基因组位置、DNA结合蛋白和转录结合位点的相互作用
  • 物种范围广
    满足动物、植物等样本的要求,具有很好的物种适应性
  • 应用范围广
    适用于免疫机制、发育调控、抗逆胁迫等生物学研究
应用方向
  • 绘制染色质开放性图谱,鉴定细胞/组织特异性调控元件和转录因子
  • 表观修饰差异研究,从转录调控揭示生物变异的表观遗传基础
  • 联合多组学,建立转录调控网络,打通基因组遗传变异与生物表型关联的“黑匣子”
推荐数据量测序策略推荐测序平台细胞活性

动物 50M Reads,植物 100 M Reads

PE150

二代测序平台≥80%

产品类型样品要求
ATAC-seq样品类型动物来源的新鲜细胞、冻存细胞或冻存组织
样品需求量每个反应需细胞5-10万个,组织约50 mg
样品活性制备为细胞悬液时,活性在80%以上
样品纯度需要避免外源污染
样本预处理预处理需参考乙方提供的详细资料
           
  • Q:ATAC-seq研究转录因子结合位点的方法与ChIP-seq有何异同?
    A:
    不同于ChIP-seq直接用实验来获取结合位点的方法,ATAC-seq主要是基于开放区域的模体基序来预测可能结合的转录因子,适用于一些缺少ChIP级抗体或难于做ChIP富集的转录因子研究。
  • Q:ATAC-seq每个样本测序数据量需要多少?是否需要设置生物学重复?
    A:
    文献中每组样本普遍设置2-3个生物学重复,建议按此设计实验;如果样本获取难度较大,可以考虑用技术重复取代或不设重复。
    可用reads需要在下机数据中去除低质量、细胞器来源、比对异常、重复片段等不适用于后续分析的部分,根据项目经验,建议初始测序数据不少于50M reads;组织样本建成文库的均一性通常较差,可以增加至100M reads水平。